Вот что не понятно, поступал в институт как Семен, а дело студента 3 курса в 1949 году - А.А. Значит Александр. В какой то момент закралась ошибка, такое раньше часто бывало, да и сейчас не редкость. Тут может быть 2 варианта: работник заполняющий документ ошибся случайно и второй вариант, работник сделал это целенаправлено. Возможно ошибка связана с получением Золотарева нового паспорта и работник паспортного отдела допустил ошибку в именах, а затем это перекочевало в личное дело.
Долго искала этот документ. Получается
зачетная книжка на Золотарева 
С.А - дата выдачи 16.01.1947
заявление с просьбой снять выговор - от Золотарева 
А.А. - 23.12.47
характеристика на студента Золотарева
 А.А - 21.03.08.05. 1948
Автобиография Золотарев 
С.А 16.06.1948
характеристика на студента Золотарева 
С.А - 21.11-21.12.1949
характеристика при окончании декана Золотарева 
С.А 1950год
учетная карточка Золотарев Семен 1958 год
Короче, не похоже, что это из-за ошибки в паспорте, допустим полученном позже 1948 года. Тогда бы дальше по всем документам он шел как Александр. Мне кажется, что наиболее показательна - учетная карта. Ее точно заполняли с учетом удостоверения личности.
  Но вот то, что он называться мог как угодно - одно. А то, что у него это проскакивает в документах - другое.